Madrasah Tasanawiyah berdiri Pada tanggal 11 Juni tahun 2011 dengan status Madrsah Persiapan Negeri satu atap Koya Barat, dengan jumlah peserta didik sebanyak 43 orang anak.
Tahun 2014 madrasah Tsanawiyah persiapan Negeri Satu Atap Koya Barat berubah status menjadi Madrasah Filial, hal ini berdasarkan surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 3327 Tahun 2014 tanggal 16 Juni 2014, tentang Penetapan Madrasah Induk dan Madrasah Filial di Provinsi Kepulauan Riau, Riau, Banten, Kalimantan dan Papua, dengan Madrasah Induk MTS Negeri Kabupaten Jayapura.
Madrasah Filial berubah menjadi Madrasah Negeri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 535 Tahun 2018, tanggal 27 Agustus 2018 tentang Penegerian 48 Mardasah. Madrasah Tsanawiyah Negeri Kota Jayapura dibangun di atas tanah milik kementerian Agama Kota Jayapura seluas m2 dengan kondisi tanah yang datar.